Es posible cambiar el horario tras la generación?

Sí. En cualquier momento, antes o después de la generación puede cambiar la posición de cualquier ficha al hacer clic en ella con el ratón y colocarlo en otra posición.

O puede cambiar a la vista "Aulas" y modificar la distribución de aulas para ciertas fichas.

Una vez terminados los cambios puede imprimir el horario.

Notas:
Si vuelve a ejecutar la generación, el software generará un horario nuevo.
Si realmente necesita una ficha en cierta posición, puede cerrarla allí y el generador no lo trasladará.